Historia

Este municipio surge en el siglo XIX al producirse la desintegración de la Junta de Cudeyo, que estaba formada por Marina de Cudeyo, Medio Cudeyo, Liérganes, Miera y Riotuerto.
Entrambasaguas está bien documentado desde la prehistoria, debido a que en su territorio se encuentran varios yacimientos que hacen referencia a la existencia de doblamiento del Paleolítico, con continuidad durante la Edaddel Bronce. En Hoznayo encontramos la cueva de Recueva  y la Cueva del Francés ambas con  yacimientos paleolíticos; el primero se encuentra muy alterado por la acción de excavadores furtivos.  En Navajeda se localiza la cueva del mismo nombre que fue estudiada, en 1922 por el Padre Carballo quien reconoció la existencia de niveles paleolíticos y enterramiento pertenecientes a la Edaddel Bronce. También se encuentran la cueva del Eucaliptal (yacimiento que ha aportado materiales de la edad del Bronce y pinturas rupestres), la de Bocarones y la de los Murciélagos, ambas con yacimientos de arte rupestre similares al anterior.
Ya en la Edad Media son dos yacimientos: la necrópolis alto medieval de Entrambasaguas, con cronología de los siglos IX-XII, y el yacimiento de Pico Vizmaya, en Hoznayo, donde aparecen restos cerámicos y de edificaciones de la época de la repoblación. En la época medieval se configuró el lugar de “Entre amas aguas”, que hace referencia probablemente a la tupida red cuya principal arteria es el río Aguanaz, en cuyo aprovechamiento encontraron los pobladores la mayor fuente de riqueza a través de establecimientos de aceñas y molinos harineros.
La primera noticia documental del municipio aparece en el Cartulario de Santa Mª del Puerto de Santoña, fechada en el año 1210. Enla Baja Edad Media, Entrambasaguas configuró su régimen señorial bajo la dependencia dela Casade los Agüero. Además alguno de los lugares de su término aparecen en la documentación medieval, como es el caso de Navajeda, cuyos moradores alegaban en 1407 tener privilegios para no pagar impuestos extraordinarios, al estar vinculados a la abadía de Santa Mª del Puerto. Esta vinculación siguió hasta el siglo XVII, en el que el término quedó integrado en la Junta de Cudeyo, formando parte del Corregimiento de las Cuatro Villas de la Costa del Mar. En el Siglo XVIII sus diputados participaron en los primeros intentos de crearla Provinciade Cantabria, si bien no se incorporaron a ella.  
Pero fue en 1822 cuando se instituyó un ayuntamiento constitucional con el mismo nombre que hoy ostenta, dentro del partido de Liérganes.
Por la reforma de 1835 se le incorporó la localidad del El Bosque, al tiempo que el municipio pasaba a ser cabeza de un nuevo partido judicial, condición que mantuvo durante 50 años, a partir de los cuales la capitalidad se trasladó a Santoña y 80 años más tarde a Santander. Desde 1992 forma parte del partido de Medio Cudeyo.

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